Die ehrwürdige Klosterkirche St. Marien und St. Johannes ist die Mutterkirche der Kirchengemeinde Cismar. Sie wurde nach 1238 in mehreren Bauabschnitten im Stil der frühen lübschen Backsteingotik errichtet. "Zwangsversetzte" Lübecker Benediktinermönche schufen hier die größte Klosteranlage, die es außerhalb Lübecks in Schleswig-Holstein je gab. Weltberühmt ist der um 1310 in Lübeck geschaffene Reliquien-Altarschrein.

Nach der Säkularisation wurde im 18. Jahrhundert die Kirche durch Umbaumaßnahmen im Innern wesentlich verkleinert. Der Amtmann, der nach den Äbten nun im Kloster residierte, bekam im Langhaus der Kirche eine repräsentative Wohnung. Dazu wurden Geschossdecken eingezogen und die Räumlichkeiten im Barockstil umgestaltet. Nur der ehemalige Chorraum des Gotteshauses blieb als Kirche erhalten.

Nach jahrhundertelangem Verfall und aufwändiger Restaurierung der gesamten Klosteranlage in den 1980er Jahren konnte eine Außenstelle des Schleswig-Holsteinischen Landesmuseums (jetzt Dependence des Ostholstein-Museums, geöffnet von April bis Oktober) in der ehemaligen Amtmanns-Wohnung eingerichtet werden.

Gottesdienste und öffentliche Klosterführungen machen die Kirche und weitere Teile der Klosteranlage (u.a. Brunnenkeller und ehemaliges Refektorium) der Öffentlichkeit zugänglich.

Ein zweites Gemeindezentrum der gegenwärtig knapp 1600 Gemeindeglieder zählenden Kirchengemeinde ist im Ostseebad Kellenhusen entstanden. Dort wurde im Jahre 1961 die St. Petri-Kirche errichtet.

Sie bildet mit Gemeindehaus und Pastorat ein am Orts- und Waldrand idyllisch gelegenes Zentrum, das auch Feriengäste zum Besuch einlädt.

Im Jahre 1968 wurde als dritte Predigtstätte der Kirchengemeinde die Vicelin-Kapelle in Riepsdorf errichtet, die viele Jahrzehnte wichtige Gemeindearbeit ermöglichte, auch ein Gemeinderaum wurde angebaut. Diese Kapelle wurde allerdings inzwischen entwidmet.